La presenza di insediamenti remoti nel territorio di Pozzaglia è attestata da importanti ritrovamenti.
Nella Grotta la Pila sono stati rinvenuti vasi e sepolture datati tra il neolitico e l’età del rame.
Nel 1922, durante l’esecuzione di lavori lungo la strada tra Pozzaglia e Orvinio, furono trovate all’interno di un vaso di coccio 29 monete risalenti al III secolo.
Si può ipotizzare, quindi, la presenza in zona dei Romani, confermata altresì da alcuni reperti di epoca romana utilizzati nella costruzione dell’Abbazia di Santa Maria del Piano, citata nelle fonti come “Santa Maria di Puzalia” ed eretta secondo la tradizione da Carlo Magno in occasione della vittoria sui Saraceni.
La suddetta abbazia e quella potentissima di Farfa si intrecciano con le origini e con la storia di Pozzaglia.
Le fonti più antiche (Regestum farfense e Chronicon farfense) attestano che già alla fine dell’VIII secolo l’Abbazia possedeva vasti latifondi nel “gualdo esercitale di Puzalia” confinante con la Massa Torana, che si distingueva in due insediamenti: “Puzalia maior” e “Puzalia minor”.
I beni furono acquistati o direttamente dall’Abbazia, o posseduti a seguito di lasciti e donazioni.
Viene citato anche un vecchio castello, abbandonato e successivamente ricostruito intorno alla metà dell’XI secolo, quando il fenomeno dell’incastellamento coinvolse la civiltà medievale tra il X e il XII secolo.
L’ultima citazione di Pozzaglia nelle fonti farfensi è del 1094, e da quella data non si hanno più notizie.
Nel 1278 Pozzaglia divenne un possedimento dei Colonna allorché fu acquistata dal Cardinale Giacomo.
Nel 1360 l’abitato subì l’assalto delle milizie pontificie che, dopo aver piegato la resistenza degli abitanti, distrussero le mura e la rocca.
All’inizio del XV secolo i Colonna cedettero il possesso agli Orsini, e successivamente nel 1558 Pozzaglia passò agli Estouteville, poi ai Muti (1573), e infine nel 1663 ai Borghese che rinunciarono ai diritti feudali sul territorio nel 1816.
Con l’annessione al Regno d’Italia, avvenuta nel 1860, il comune fu incluso nella provincia di Perugia, e nel 1923 passò alla provincia di Roma e da ultimo nel 1927 all’istituita provincia di Rieti.
Pozzaglia nelle fonti è citata come Puzalia, Portaglia, Putealia, Pozzogallo, Pozzo dei Galli.
Sull’origine del toponimo la questione è controversa; tuttavia pensando allo stemma civico, gallo sopra un pozzo, si può ritenere che esso derivi da pozzo, appellativo frequente nel Lazio per indicare un luogo acquitrinoso, uno scavo artificiale o una voragine carsica, spesso collegata con sorgenti.